La biopréservation, une ingénierie du microbiote

Publié par Garance Leroy, le 26 juin 2026

LES PRODUITS DE LA MER, DENRÉES PÉRISSABLES

L’alimentation de la population mondiale demeure un enjeu majeur et complexe, alors que notre planète pourrait compter 9 milliards d’habitants d’ici 2030. Dans l’alimentation humaine, les produits de la mer représentent 15 % de l’apport mondial en protéines animales (2022). Leur consommation annuelle ne cesse d’augmenter.

Pour répondre à cette demande, la réduction des pertes et du gaspillage alimentaire constitue une priorité pour l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO). Les Nations Unis l’ont inscrite parmi leurs Objectifs de développement durable (ODD) à l’horizon 2030. En effet, 14 % des denrées alimentaires ont été perdues entre leur récolte et leur vente, en 2019. Cette proportion atteint 35 % pour les produits de la mer (FAO, 2024), dont la perte est principalement due à l’altération microbiologique.

LE MICROBIOTE, ACTEUR DE LA QUALITÉ ALIMENTAIRE

Le microbiote est communément défini comme un ensemble de microorganismes (bactéries, virus, champignons, etc.). Souvent associé à un organisme vivant, le microbiote interagit avec son hôte et peut constituer un indicateur de son état de santé. Cette relation est si étroite que pour certains scientifiques l’hôte et son microbiote co-évoluent au point de former une seule et même entité : l’holobionte.

Le microbiote joue donc un rôle essentiel dans le fonctionnement des animaux marins. Après leur abattage, cet écosystème microbien évolue et de nouvelles bactéries peuvent se développer. Les produits de la mer sont particulièrement sensibles et périssables, car ils peuvent être colonisés par des bactéries indésirables, issues de l’environnement marin ou introduites au cours des étapes de transformation et de conditionnement. Certaines de ces bactéries produisent des métabolites responsables de mauvaises odeurs et de l’altération du produit, conduisant in fine à son rejet par le consommateur. D’autres, comme Listeria monocytogenes, peuvent se multiplier et représenter un risque pour la sécurité alimentaire. En effet, la listériose est une infection qui touche particulièrement les personnes vulnérables et peut entraîner des complications sévères telles qu’une méningite ou une bactériémie.

LA BIOPRÉSERVATION

Pour améliorer la conservation des denrées marines, la biopréservation est une alternative d’intérêt pour Ifremer. Cette méthode consiste à ensemencer les produits de la mer avec des microorganismes non pathogènes, appelés ici cultures bioprotectrices. L’objectif est de prolonger la durée de vie des aliments tout en garantissant leur sécurité et leur qualité. Cette approche, qualifiée de « douce », constitue une alternative à l’utilisation de conservateurs chimiques dont l’image est de plus en plus défavorable auprès des consommateurs.

Le laboratoire EM3B d’Ifremer dispose d’une vaste collection de bactéries susceptibles d’être utilisées comme cultures bioprotectrices. Parmi elles figurent de nombreuses bactéries lactiques, particulièrement prometteuses pour cette application. Naturellement présentes dans de nombreux aliments, ces bactéries sont reconnues pour leur innocuité et leurs effets bénéfiques. Elles ont également la capacité de produire des composés antimicrobiens naturels capables de limiter le développement des microorganismes indésirables.

À partir de ces bactéries lactiques, le laboratoire a développé plusieurs solutions de biopréservation adaptées à différents produits de la mer, tels que le saumon fumé, la crevette cuite, le gravlax ou encore la daurade. Certaines des souches sélectionnées sont désormais commercialisées et trouvent également des applications dans les filières des produits laitiers et des produits carnés.

En prolongeant la durée de conservation des aliments et en limitant leur altération, le laboratoire EM3B développe ainsi des solutions innovantes qui contribuent à la réduction du gaspillage alimentaire tout en répondant aux enjeux du développement durable.