Agro-écologie et bioinformatique : l’exploration d'alternatives aux phytosanitaires soutenue par la Région

Publié par Loup Tran Van Canh, le 4 juin 2026

Retour d'un docteur en biologie végétale sur son parcours en Maine-et-Loire

La Région Pays de la Loire (https://www.paysdelaloire.fr/) m'a permis, en participant au financement de mes allocations doctorales, de soutenir en 2024 ma thèse en Génétique, Génomique et Bioinformatique au sein de l'École Doctorale VAAME (Végétal, Animal, Aliment, Mer, Environnement) ( https://ed-vaame.doctorat-pays...).

Je me devais de réaliser une action de Culture Scientifique Technique et Industrielle (CSTI) sur le site echosciences-paysdelaloire.fr en retour, et cet article a donc pour vocation de mettre en avant différents acteurs qui m'ont accompagné au cours de ces trois années de doctorat, ainsi qu'une partie des recherches effectuées.

En 2021, j'ai été accueilli par l'équipe BIDEFI (BioInformatics for plant DEFense Investigation) (https://irhs.angers-nantes.hub...) de l'Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) de Beaucouzé (https://irhs.angers-nantes.hub...), grâce au financement de mes allocations doctorales à la fois par la région et l'Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'alimentation et l'Environnement (INRAE) (https://www.inrae.fr/departeme...).

Mes travaux, en relation avec le projet ANR STRESS-PEPT (https://anr.fr/Projet-ANR-20-C...), ont porté sur l'exploration des petits peptides sécrétés par les plantes en réponse aux stress (https://theses.hal.science/tel...). L'introduction de mon manuscrit, rédigée en français, permettra à qui le souhaite d'en apprendre davantage sur ces molécules trop méconnues. Elles sont pourtant responsables d'une multitude de fonctions essentielles, notamment hormonales dans le cas des phytocytokines. L'idée originale derrière cette thèse, illustrée par le visuel de cet article, était d'exploiter la spécificité naturelle de ces hormones végétales pour réguler la croissance d'adventices (autrement appelées "mauvaises herbes") en champ sans affecter les autres êtres vivants, et ainsi favoriser une agriculture durable.

Cette thèse a été l'occasion de travailler sur une méthode bioinformatique de prédiction des familles de ces molécules (https://doi.org/10.1007/978-1-...), ce qui a notamment permis d'identifier de nouveaux membres de la famille SCOOP chère à l'équipe BIDEFI ( https://doi.org/10.1038/s41477...).

Je souhaite également apporter de la visibilité à la Structure Fédérative de Recherche Qualité et Santé du Végétal (SFR QuaSaV) (https://www.sfrquasav-angers.o...), et aux différentes éditions annuelles de la journée des doctorants qu'elle organise. Ces journées sont l'occasion de présenter les travaux de chacun à un large public, comme j'ai eu l'opportunité de le faire lors de la 16ème édition en 2023 (https://irhs.angers-nantes.hub...).

Enfin, je tiens à profiter de l'occasion qui m'est donnée pour remercier à nouveau tous ceux qui m'ont accompagné et aidé au cours de ces trois années.

Loup TRAN VAN CANH